Die Gewinnsteuer fällt bei Bund, Kantonen und Gemeinden an. Beim Bund gilt ein proportionaler Steuersatz von 8.5 Prozent des steuerbaren Gewinns, in Gemeinden und Kantonen werden unterschiedliche Berechnungsmethoden verwendet. Im Kanton Thurgau beispielsweise gilt für die Gewinnsteuer ein Steuersatz von rund 16 Prozent. Anders als bei Privatpersonen sind bezahlte Steuern abzugsfähig.

Die Kapitalsteuer fällt nur bei Kantonen und Gemeinden an. Das steuerbare Kapital umfasst üblicherweise das einbezahlte Kapital – beispielsweise das Aktienkapital bei einer AG – und die Reserven. In fast allen Kantonen berechnet sich die Kapitalsteuer proportional, im Kanton Zürich zum Beispiel beträgt sie 0.75 Promille des steuerbaren Kapitals.

Auf den Websites der Steuerbehörden kann man die voraussichtlich zu bezahlenden Gewinn- und Kapitalsteuern berechnen (Beispiel: Steueramt des Kantons Zürich, Steuerberechnung juristische Personen).

Erhebliche Steuererleichterungen oder gar Steuerbefreiungen bestehen für einige privilegierte Unternehmensformen wie Holding- oder Verwaltungsgesellschaften. Auch für neu gegründete Unternehmen kennen Kantone und sowie teilweise der Bund die Möglichkeit für Steuererleichterungen während bis zu zehn Jahren. Die Standortförderungen geben Auskunft, welche Startups davon profitieren können.

In fast allen Kantonen müssen juristische Personen Kirchensteuern bezahlen. Die Kirchensteuerpflicht für juristische Personen ist umstritten, zumal kein «Kirchenaustritt» möglich ist. Im Kanton Zürich wird in Kürze über die sogenannte Kirchensteuerinitiative abgestimmt, die fordert, dass juristische Personen von der Kirchensteuer befreit werden.

Eine Besonderheit bei juristischen Personen ist die sogenannte Doppelbesteuerung: So wird beispielsweise bei einer AG zuerst der Gewinn besteuert. Erhalten die Aktionäre danach eine Dividende ausgeschüttet oder Lohn ausbezahlt, müssen sie dafür als natürliche Personen nochmals Einkommenssteuern bezahlen. Immerhin sehen Bund und fast alle Kantone eine reduzierte Dividendenbesteuerung für Hauptaktionäre vor. Ausserdem haben Dividenden anstelle von Lohn den Vorteil, dass darauf keine Beiträge an die obligatorischen Sozialversicherungen fällig werden. Auch bezüglich Kapital und Vermögen besteht grundsätzlich eine Doppelbesteuerung bei juristischen Personen.